Вместо введения цельного патогена для формирования иммунного ответа можно вводить субъединичные вакцины (иногда называемые бесклеточными вакцинами), содержащие его очищенные частицы, которые были специально выбраны благодаря их способности стимулировать клетки иммунной системы. Поскольку эти фрагменты не могут вызывать заболевание, субъединичные вакцины считаются весьма безопасными. Существуют несколько типов таких вакцин: белковые субъединичные вакцины содержат отдельные белки вирусных или бактериальных патогенов; полисахаридные вакцины содержат цепочки молекул сахаров (полисахаридов), обнаруживаемых в клеточной стенке ряда бактерий; конъюгированные субъединичные вакцины связывают полисахаридную цепь с белком-носителем, чтобы вызвать и усилить иммунный ответ. Против вируса, вызывающего COVID-19, разрабатываются только белковые субъединичные вакцины. Другие субъединичные вакцины уже широко используются. Примерами таких препаратов являются вакцины против гепатита В и бесклеточные вакцины против коклюша (белковые субъединичные), пневмококковые полисахаридные вакцины и менингококковая вакцина против серотипов ACWY (MenACWY), которая содержит полисахариды, находящиеся на поверхности четырех серотипов бактерии, вызывающей менингококковые заболевания, присоединенные к дифтерийному или столбнячному анатоксинам (конъюгированная субъединичная вакцина). Субъединичные вакцины содержат фрагменты белка и/или полисахариды патогена, которые были тщательно изучены на предмет выявления наилучшей комбинации этих молекул, которая сможет стимулировать формирование сильного и действенного иммунного ответа. Благодаря тому, что иммунная система не контактирует непосредственно с патогеном, риск побочных эффектов сведен к минимуму. Кроме того, такие вакцины относительно недороги, их легко производить, и они более стабильны по сравнению с вакцинами, содержащими цельные вирусы или бактерии. Обратной стороной такого подхода является то, что в антигенах, используемых для вызова иммунного ответа при вакцинации, могут отсутствовать молекулярные структуры, называемые патоген-ассоциированными молекулярными паттернами (PAMP), которые являются общими для определенного класса патогенов. Подобные структуры считываются иммунными клетками и распознаются как сигналы опасности, поэтому их отсутствие может привести к формированию более слабого иммунного ответа. Кроме того, поскольку антигенные частицы не инфицируют клетки, субъединичные вакцины, по большей части, запускают антитело-опосредованные иммунные реакции. Это означает, что иммунный ответ может быть слабее, чем при применении вакцин других типов. Для устранения этой проблемы в состав субъединичных вакцин иногда включают адъюванты (вещества, стимулирующие иммунную систему), а также может потребоваться вводить бустерные дозы (проводить ревакцинацию). Обновление (март 2023 г.): ВОЗ включила одну вакцину на основе белка (Nuvaxovid / Covovax) в реестр средств для использования в чрезвычайных ситуациях (EUL).
