Potrivit vechilor cronici moldovenești, zidirea mănăstirii, ctitorie a lui Ștefan cel Mare (al cărui mormânt se află aici), a început în anul 1466 și s-a terminat în 1469. Sfințirea sa a avut loc la 3 septembrie 1469 „fiind de față întreg clerul moldovenesc”.[2] Incinta, turnul de la intrare și fortificațiile au fost terminate în 1481. <br />Biserica mănăstirii fiind devastată de oștile lui Timuș Hmelnițki, lucrările de reconstruire au fost începute de voievodul Gheorghe Ștefan (1653-1658) în 1654 și terminate, sub domnia lui Eustatie Dabija (1661-1665), în 1662. Mănăstirea a fost restaurată între anii 1756-1760 prin grija mitropolitului Iacob Putneanul, apoi în 1902, când s-a refăcut acoperișul după planurile arhitectului Karl Romstorfer, și, mai recent, în perioada 1961-1975.
