Сюжет Agarest: Generations of War Zero разворачивается за тысячу лет до событий Agarest: Generations of War. В мире Агарест всегда существовал баланс между силами Тьмы и Света, но со временем армия Тьмы начала набирать силы. Чтобы получить преимущество, силы Света отправляют своего слугу Sieghart'а на поиски магических компонентов для создания артефактов, наделенных огромной силой.<br />Во время выполнения возложенного на героя задания, он спасает от существ Тьмы таинственную девушку по имени Мимель, обладающую магическими силами, в результате чего получает смертельные ранения. Вырывая Sieghart'а из лап смерти, девушка случайно передает ему свои силы, изменив тем самым весь ход истории и их судьбы.
