Shattered Origins versetzt den Spieler in einen futuristischen Endzeitkampf. Die Menschheit hat den Planeten fast vollständig in Kriegen um die letzten Rohstoffe vernichtet. Überlebende verlassen die Erde auf riesigen Kreuzern, den Guardians. Im Weltraum stehen sich fortan Guardians und Piraten in zwei Spielmodi als verfeindete Fraktionen gegenüber.
