In fünf Online-Modi bekämpft man andere menschliche Spieler, sammelt Punkte und steigt im Rang auf. Neben üblichen Wettbewerben wie Deathmatch gibt es mit dem Hunter-Modus eine interessante Variante in Crysis 3: Zwei Spieler jagen im Nanosuit bis zu sieben CELL-Kämpfer. Ein getöter CELL-Krieger kommt ins Spiel zurück und spawnt als weiterer Hunter. Das Spiel ist gewonnen, wenn alle CELL-Agenten innerhalb einer vorgegebenen Zeit getötet wurden.
