Configuração do JWM é feito editando ".jwmrc". Este arquivo é XML, tornando mais fácil para editar, à mão ou por meio de programação. O example.jwmrc dá um arquivo de configuração de exemplo que especifica a maioria das opções. <br />Antes de reiniciar o JWM, é uma boa idéia para executar "jwm -p" para garantir que o arquivo de configuração está livre de erros. Caso contrário, você pode acabar sem um menu raiz.