'बेगम जान' की कहानी उस दौर की है जब भारत आजाद हुआ था और विभाजन की रेखा खींची जा रही थी। यह रेखा बेगम जान के कोठे के बीच से जाती है, यानी आधा कोठा भारत में और आधा पाकिस्तान में। बेगम जान कोठा छोड़ना नहीं चाहती। दो पार्टियों के नेता हरिप्रसाद और इलियास बेगम जान पर पुलिस के जरिये दबाव बनाते हैं, लेकिन वह नहीं मानती। आखिरकार कोठा खाली करने के लिए हिंसा का सहारा लिया जाता है।
