Spanien im Jahr 1944: Der Bürgerkrieg ist bereits fünf Jahre vorbei, doch immer noch kämpfen Partisanen gegen das faschistische Regime General Francos. In einer entlegenen Provinz des Landes lebt der ehrgeizige und brutale Capitan Vidal (Sergi López) und macht mit seinen Soldaten Jagd auf die Widerständler in dem bewaldeten und gebirgigen Gebiet. Als Vidals hochschwangere Frau Carmen (Ariadna Gil) gemeinsam mit ihrer elfjährigen Tochter Ofélia (Ivana Baquero) aus erster Ehe vor Ort eintrifft, beginnt für das Mädchen eine seltsame Zeit, in der sich die Haushälterin Mercedes (Maribel Verdú) als einzige Stütze erweist. Doch die paktiert ausgerechnet mit den Rebellen, auf die Capitan Vidal unbarmherzig Jagd macht. Ofélia entflieht ihrer düsteren und von Gewalt geprägten Umgebung, indem sie sich in ein Reich voller Fabelwesen zurückzieht, das die allgegenwärtigen Grausamkeiten und die Lieblosigkeit ablöst und durch eine Welt voller Abenteuer ersetzt. Geführt von einem Insekt, das sich als Elfe und Sendbotin eines Reiches jenseits der physischen Realität offenbart, begegnet Ofélia Pan (Doug Jones) in dessen geheimnisvollem Labyrinth. Der Faun offenbart ihr, dass sie keine gewöhnliche Sterbliche sei, sondern die seit langem vermisste Prinzessin einer unterirdischen Welt voller Elfen und bizarrer Geschöpfe. Doch um ganz sicher zu sein, dass sie die Richtige sei, müsse sie drei Aufgaben bewältigen, die er ihr stelle. Ebenso verängstigt wie fasziniert nimmt das Mädchen die Aufgaben an und ist fortan eine Wandlerin zwischen den Welten.
