सीजीटीएमएसई की स्थापना वर्ष 2000 में केंद्र सरकार के सूक्ष्म, लघु और मध्यम उद्यम मंत्रालय तथा भारतीय लघु उद्योग विकास बैंक द्वारा की गई थी.