Une fois de plus, la princesse Peach s'est fait enlever par Bowser, le roi des Koopas. Mario et son frère Luigi partent à son secours. Au cours de leur périple, ils devront aussi délivrer les amis de Yoshi, de petits dinosaures amicaux.<br /><br />Le principal nouveau personnage est le petit dinosaure vert Yoshi. Ce nom signifie en japonais « orphelin », « enfant trouvé »; cela coïncide avec l'histoire du jeu où Mario et Luigi trouvent Yoshi dans un œuf, abandonné en pleine nature.
