Boukhara est le berceau d'al-Bukhari (810-870), un important compilateur de hadiths. Elle fut la capitale de la dynastie persane des Samanides (875-999). De 1102 à 1238, la ville fut gouvernée par la famille cadi des Ali-Burhan.<br /><br />Boukhara vit passer vers l'an 1000 deux des gloires scientifiques de l'Asie centrale, le grand médecin et philosophe Avicenne (Abu Ali Ibn Sînâ), né à proximité (980-1037) et le savant encyclopédiste al-Biruni (mathématicien, physicien, astronome, historien, etc.), né près de Khiva (973-1048), qui correspondit avec Avicenne.<br /><br />Au cours de son histoire, Boukhara apparaît surtout comme une ville religieuse, moins marquée par la vie scientifique que Samarcande. C'est en considération de cette importance religieuse qu'Ulugh Beg (1394-1449), le prince timouride et astronome de Samarcande, fit construire une médersa (institut), au fronton de laquelle il fit graver la phrase : « L'étude est un devoir sacré pour chaque musulman et chaque musulmane ».