Como todos los reptiles, los cocodrilos tienen un cerebro relativamente pequeño, pero es más avanzado que en otros reptiles. Entre otras cosas tiene una verdadera corteza cerebral. Poseen nervios de origen dermal restringidos a los lados del muro ventral del cuerpo. El hecho de que este animal sea capaz de hacer tantas cosas diferentes y tener un alto nivel de inteligencia se debe a su corteza cerebral.